O Modo Difícil é mais realista. Ser pisado por um colosso resulta em morte instantânea e ataques normais causam muito mais dano.
O Modo Díficil é uma dificuldade destravável no Shadow Of The Colossus, acessada a partir do Menu Principal assim que o jogo tiver sido completado no Normal. A diferença entre as dificuldades Normal e Difícil são:
- Não são dados tutorias de controle, embora Dormin dê dicas para Wander durante as batalhas, incluindo o Time Attack.
- Cinco colossos (Valus, Quadratus, Gaius, Barba e Argus) possuem um ponto fraco a mais. Phaedra possuí dois a mais.
- Wander receberá mais dano dos ataques normais dos colossos. Ataques muito pesados (tais como ser pisado) o matarão instantaneamente agora, independente da sua quantidade de vida atual.
- Um novo conjunto de itens pode agora ser obtido através do Time Attack Difícil, tais como a Máscara do Xamã e a Espada da Rainha, de Ico.
- Jogos salvos possuem um "h" laranja em letra baixa próximo ao número de vezes que o jogo foi completado (i.e.se alguém estiver zerando pela segunda vez no modo Difícil, "2h" será visto próximo ao jogo salvo).